指定涉及协变量的项
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您可以指定将作为一般多元方差分析中的协变量的变量。必须在协变量中指定协变量，但可以在模型中输入协变量，除非交叉或嵌套了协变量（请参见下表），否则并不是必须要这样做。

在不平衡设计或涉及协变量的设计中，一般多元方差分析的连续平方和（由变量解释的附加模型平方和）将取决于变量输入模型的顺序。如果在使用一般多元方差分析时未在模型 中输入协变量，则会先拟合协变量，这通常是在协变量引起背景变异时所需要的。随后的拟合顺序是项在模型 中的顺序。不平衡项 A B 的连续平方和将因输入这些项的顺序的不同而不同。但是，默认的调整平方和（模型中所有其他项的平方和）将相同，无论模型顺序如何。

一般多元方差分析允许项包含彼此交叉或与因子交叉的协变量以及嵌套在因子内的协变量。下面是这类模型的一些示例，其中 A 为因子。